以农民和食品企业组成的二级绿色食品供应链为研究对象,考虑绿色食品质量和绿色食品声誉对供应链收益的影响,运用微分博弈的方法从动态上分析了三种不同博弈情形下,农民和食品企业的最优策略和利润。同时,考虑政府补贴和绿色食品认证对绿色食品供应链的影响,比较了有无补贴和绿色食品认证下绿色食品质量和供应链主体利润。结果表明:当农民和食品企业的收益分配系数满足一定条件时,绿色食品质量、农民和企业的利润、供应链总利润从Nash博弈到Stackelberg博弈再到主体合作下的博弈,均实现了帕累托改进。政府补贴和绿色食品认证对提高绿色食品质量和供应链利润起到积极作用,并通过算例仿真验证了以上结论。